Efektywny system poboru podatków, zwłaszcza VAT i akcyzy determinuje stan finansów publicznych, ma zatem najważniejszy wpływ na sytuację społeczno-gospodarczą w kraju. Milowym krokiem na drodze do uszczelnienia poboru VAT miało być wprowadzenie od 1 lipca 2024 r. obowiązku wystawiania faktur elektronicznych. Termin uruchomienia Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) w wersji obligatoryjnej przesunięto jednak na przyszły rok ze względu m.in. na problemy z jego wydajnością. Tymczasem jak wykazała NIK, w okresie objętym kontrolą, czyli od stycznia 2022 r. do końca czerwca 2024 r. doszło do spadku liczby kontroli podatkowych w VAT i obniżenia ich efektywności (mierzonej średnią kwotą uszczuplenia należności, która powinna trafić do państwowej kasy). W przypadku kontroli celno-skarbowych w VAT kwota ta okazała się w 2023 r. trzykrotnie niższa niż cztery lata wcześniej – spadła z 2,4 mln zł do ok. 823 tys. zł.
W okresie objętym badaniem przeprowadzano także coraz mniej kontroli dotyczących zasadności zwrotów VAT podatnikom. Co prawda liczba samych kontroli celno-skarbowych rosła, jednak udział tych, które dotyczyły tylko zwrotu podatku, był wśród nich wyraźnie mniejszy niż w latach 2019–2021. Doszło również do znacznego spadku liczby kontroli podatku akcyzowego – w 2023 r. przeprowadzono zaledwie 143 takie kontrole, czyli o ponad połowę mniej niż w 2019 r.
Obniżenie aktywności kontrolnej Krajowej Administracji Skarbowej (KAS), to w opinii Izby w znacznym stopniu skutek reorganizacji kadrowej. W okresie od lipca 2022 r. do końca czerwca 2023 r. Szef KAS przeniósł z urzędów skarbowych do urzędów celno-skarbowych ¼ kontrolerów. Równocześnie rozpoczął prace legislacyjne zmierzające do zmiany kompetencji naczelników urzędów skarbowych – odebrania im możliwości prowadzenia kontroli podatkowych na rzecz rozszerzenia uprawnień dotyczących czynnościach sprawdzających. NIK zwraca uwagę na to, iż podobnie jak proces reorganizacji kadrowej w KAS, planowane zmiany legislacyjne nie zostały poprzedzone rzetelną analizą tego, jaki będą miały wpływ na skuteczność poboru podatków. Zdaniem Izby w okresie objętym kontrolą działania Krajowej Administracji Skarbowej nie były w pełni rzetelne, skuteczne i prawidłowe.
Doszło także do niejednolitego stosowania przepisów dotyczących płynu do papierosów elektronicznych, w tym bazy do produkcji tego roztworu. W 2017 r. i płyn, i baza zawierająca glikol lub glicerynę zostały objęte akcyzą, tymczasem podczas kontroli celno-skarbowych wykrywano przypadki, w których jako bazę sprzedawano np. aromaty do kominków czy odświeżacze powietrza, które nie były obciążone akcyzą. Potrzebne stało się więc doprecyzowanie przepisów, by uniemożliwić uchylanie się od płacenia tego podatku.
Po tym jak od 1 stycznia 2023 r. zmieniona została ustawowa definicja płynu do papierosów elektronicznych, Ministerstwo Finansów zaczęło jednak prezentować nieprawidłowe stanowisko, jakoby glikol i gliceryna wykorzystywane w papierosach elektronicznych nie stanowiły wyrobów akcyzowych. W związku z tym swoje prawidłowe stanowisko w indywidualnych interpretacjach zmienił dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej.
Ostatecznie Minister Finansów w czerwcu 2024 r. wydał interpretację ogólną i stwierdził, iż pod pojęciem „płyn do papierosów elektronicznych” należy rozumieć nie tylko wyrób w ostatecznej postaci stosowanej w papierosie elektronicznym, ale również glikol i glicerynę służące do jego wytworzenia. Jednak prace nad interpretacją ogólną zostały podjęte z opóźnieniem, co NIK uznała za nierzetelne.
W kwestii przeciwdziałania uszczuplaniu dochodów z podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowego NIK objęła kontrolą Ministerstwo Finansów, cztery izby administracji skarbowej, pięć urzędów celno-skarbowych oraz osiem urzędów skarbowych.
Odroczone obowiązkowe e-faktury
Podatek od towarów i usług, to największa pozycja w polskim budżecie, dlatego poziom jego ściągalności jest niezwykle istotny. Likwidowanie luki podatkowej w VAT, rozumianej jako różnica między wpływami z tego podatku, które powinny trafiać do budżetu państwa, a tymi, które faktycznie tam trafiają, polega m.in. na wykrywaniu przypadków uchylania się od opodatkowania i na zapobieganiu wyłudzeniom nienależnych zwrotów.
Dzięki sukcesywnie wprowadzanym od 2016 r. rozwiązaniom prawnym i narzędziom informatycznym w latach 2017-2021 doszło do poprawy skuteczności poboru podatku VAT. Co więcej, ta poprawa okazała się stabilna w okresie istotnych szoków gospodarczych związanych najpierw z epidemią COVID-19, a następnie z wojną na Ukrainie. Kolejnym krokiem w procesie uszczelniania systemu poboru VAT miało być wprowadzenie obowiązkowego e-fakturowania. Założono, iż wystawianie elektronicznych faktur przyniesie korzyści zarówno budżetowi państwa w postaci zwiększenia dochodów w wyniku ograniczenia nieprawidłowości w rozliczaniu tego podatku, jak i podatnikom, przyczyni się bowiem do szybszego i sprawniejszego dokumentowania transakcji oraz do przyspieszenia realizacji płatności.
Zakładane korzyści z e-fakturowania dla budżetu państwa:
- skuteczniejsze monitorowanie obrotu dokumentowanego fakturami VAT;
- zwiększenie dokładności weryfikacji wniosków o zwrot VAT;
- zwiększenie stopnia automatyczności kontroli spójności między VAT zadeklarowanym i zapłaconym;
- zwiększenie efektywności kontroli nakierowanych na identyfikowanie nadużyć finansowych oraz nieprawidłowości związanych z rozliczaniem podatku VAT;
- zbudowanie centralnej i aktualizowanej na bieżąco bazy danych faktur, co spowoduje przyspieszenie dostępności danych analitycznych i poprawę ich jakości.
Zakładane korzyści z e-fakturowania dla podatników:
- szybsze i sprawniejsze dokumentowanie transakcji;
- przyspieszenie realizacji płatności;
- zagwarantowanie pewności, iż faktura dotarła do kontrahenta;
- ułatwienie dostępu do faktur i faktur korygujących bez zagrożenia, iż dokumenty te ulegną zniszczeniu lub zaginięciu;
- ograniczenie obowiązków sprawozdawczych, zwłaszcza małych i średnich przedsiębiorstw, m.in. za sprawą umożliwienia ponownego wykorzystywania przez administrację skarbową raz pozyskanych informacji.
KSeF w wersji nieobowiązkowej został uruchomiony 1 stycznia 2022 r., w wersji obligatoryjnej miał obowiązywać od 1 lipca 2024 r., ale prace nad nim nie zostały ukończone. Kontrola przeprowadzona przez NIK pokazała, iż sygnały dotyczące problemów m.in. z wydajnością systemu pojawiły się już w 2023 r., a zakładano, iż KSeF będzie obsługiwał ponad 2,5 mld e-faktur rocznie. Minister Finansów nie podjął skutecznych działań, które zapobiegłyby opóźnieniu wprowadzenia e-fakturowania. Także zewnętrzny audyt KSeF pokazał brak skutecznego nadzoru ze strony ówczesnego ministra nad realizacją tego projektu.
Według ostatnich deklaracji MF obowiązek stosowania systemu ma zostać wprowadzony w 2026 r.:
- od 1 lutego dla podmiotów, których wartość sprzedaży w poprzednim roku podatkowym przekroczyła kwotę 200 mln zł;
- od 1 kwietnia dla wszystkich pozostałych przedsiębiorców.
Za mało analiz
W okresie objętym badaniem (dwa i pół roku) w samym Ministerstwie Finansów przeprowadzono zaledwie trzy analizy dotyczące podatku akcyzowego, których celem było wytypowanie podejrzewanych o nieprawidłowości w rozliczeniach tego podatku. Działalność analityczną resortu w tym zakresie wspomagały tzw. centra kompetencyjne utworzone w wybranych organach KAS. Przeprowadziły one 33 analizy dotyczące wyrobów tytoniowych lub alkoholowych, jednak ich efekty nie były w pełni monitorowane w Ministerstwie Finansów. W przypadku sześciu spośród 33 analiz brak było danych dotyczących kwot stwierdzonych nieprawidłowości lub liczby podmiotów, w których je stwierdzono. Świadczy to, zdaniem NIK, o niewystarczającym nadzorze Szefa KAS nad działaniem tych centrów.
W działalności analitycznej mającej na celu wytypowanie do weryfikacji firm podejrzewanych o nieprawidłowości w wywiązywaniu się z obowiązków podatkowych, KAS nie wykorzystywała danych z Systemu Śledzenia Ruchu i Pochodzenia Wyrobów Tytoniowych (Systemu Track&Trace). System umożliwia dostęp do informacji na temat zdarzeń w łańcuchu dostaw i transakcji w odniesieniu do wszystkich firm uczestniczących w obrocie wyrobami tytoniowymi na terenie Unii Europejskiej. Połączenie tych danych z informacjami z krajowych systemów mogłoby umożliwić stworzenie skutecznego narzędzia do wykrywania nieprawidłowości i automatycznej wielopoziomowej kontroli.
Z kolei Ministerstwo Finansów regularnie prowadziło analizy dotyczące podatku od towarów i usług. Nie obejmowały one jednak rozliczania VAT przez jednostki samorządu terytorialnego w związku z możliwymi przypadkami nadużycia prawa. Do resortu wpływały tzw. studia przypadku dotyczące zidentyfikowanych zagrożeń, najczęściej przekazywane przez dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (97 z 115 badanych przypadków). Spośród nich 76 dotyczyło zagadnień związanych z inwestycjami realizowanymi właśnie przez jednostki samorządu terytorialnego, w których Szef KAS zidentyfikował przypuszczalne nadużycie prawa lub chęć osiągnięcia korzyści podatkowych poprzez odliczenie podatku naliczonego w pełnej wysokości. Mimo to w Ministerstwie Finansów nie przeprowadzono analiz rozliczeń VAT oraz kształtowania się zwrotów VAT związanych z otrzymanymi sygnałami.
Spadek liczby kontroli i ich efektywności
Wyraźny spadek liczby kontroli podatkowych w VAT nastąpił w 2023 r. – o 30,8% w stosunku do 2022 r., a w I półroczu 2024 r. o 13,8% w stosunku do I półrocza 2023 r. W tym okresie wzrosła natomiast liczba kontroli celno-skarbowych w VAT. W 2022 r. było ich ponad dwukrotnie więcej niż w 2019 r., a w 2023 r. o niemal 51% więcej niż w roku poprzednim i taka tendencja utrzymała się w I półroczu 2024 r. (zwiększenie o 21,2%). Zdaniem NIK było to częściowo rezultatem reorganizacji przeprowadzonej przez Szefa KAS, która polegała na przesunięciu jednej czwartej kontrolerów z urzędów skarbowych do urzędów celno-skarbowych.

11 453 | 10 285 | 1 168 |
9 258 | 8 070 | 1 188 |
10 674 | 8 755 | 1 919 |
12 873 | 10 162 | 2 711 |
11 115 | 7 033 | 4 082 |
5 998 | 4 035 | 1 963 |
5 856 | 3 477 | 2 379 |
Źródło: opracowanie własne na podstawie wyników kontroli w Ministerstwie Finansów
Systematycznie spadała również liczba kontroli w podatku akcyzowym. W 2023 r. liczba takich kontroli stanowiła mniej niż połowę (ok. 48%) liczby kontroli przeprowadzonych w 2019 r.

296 | 149 | 147 |
258 | 148 | 110 |
218 | 97 | 121 |
202 | 93 | 109 |
143 | 54 | 89 |
74 | 30 | 44 |
81 | 40 | 41 |
Źródło: opracowanie własne na podstawie wyników kontroli w Ministerstwie Finansów
Dane pokazują, iż z reguły z roku na rok poprawiała się skuteczność kontroli podatkowych i celno-skarbowych w VAT mierzona stosunkiem liczby tych, w których stwierdzono nieprawidłowości do liczby ogółem przeprowadzonych.

Skuteczność kontroli podatkowych oraz kontroli celno-skarbowych
Opis w opracowaniu.
Źródło: opracowanie własne na podstawie wyników kontroli w Ministerstwie Finansów
Obniżyła się natomiast suma uszczupleń w VAT stwierdzonych podczas kontroli przeprowadzonych przez pracowników urzędów skarbowych oraz pracowników i funkcjonariuszy urzędów celno-skarbowych. W 2023 r. była o 15,3% niższa niż w roku poprzednim, a w 2022 r. o 17% niższa niż w 2019 r.
Niższa była także efektywność kontroli podatkowych i kontroli celno-skarbowych w VAT mierzona średnią kwotą uszczuplenia należności, którą podatnik powinien przekazać fiskusowi. W przypadku kontroli podatkowej kwota ta spadła z 367,5 tys. zł średnio w 2019 r. do 184,8 tys. zł w 2023 r., a w przypadku kontroli celno-skarbowej z 2,4 mln zł w 2019 r. do 823 tys. zł w 2023 r., czyli aż trzykrotnie.
W okresie objętym badaniem przeprowadzano także coraz mniej kontroli podatkowych zwrotów VAT. W dużej mierze był to efekt przeniesienia części kontrolerów z urzędów skarbowych do urzędów celno-skarbowych, co jednak nie przełożyło się na istotny wzrost liczby kontroli celno-skarbowych zwrotów VAT. W 2019 r. przeprowadzono ich 251, a w 2023 r. – 292, w dodatku ich udział w kontrolach celno-skarbowych w VAT okazał się wyraźnie niższy niż w latach 2019–2021.
Duże znaczenie miało również wprowadzenie automatycznego badania zasadności zwrotów i zwiększenie dzięki temu (od lutego 2023 r.) liczby zwrotów objętej tym procesem.

Liczby kontroli podatkowych oraz celno-skarbowych zwrotów VAT
2 738 | 26,6% |
1 799 | 22,3% |
1 545 | 17,6% |
1 272 | 12,5% |
830 | 11,8% |
486 | 12,0% |
352 | 10,1% |
251 | 21,5% |
285 | 24,0% |
269 | 14,0% |
253 | 9,3% |
292 | 7,2% |
140 | 7,1% |
209 | 8,8% |
Źródło: opracowanie własne na podstawie wyników kontroli w Ministerstwie Finansów
NIK objęła badaniem także pięć urzędów celno-skarbowych i w czterech z nich stwierdziła, iż kontrole obejmujące prawidłowość rozliczania podatku akcyzowego były prowadzone w niewielkim zakresie, a ich skuteczność była przeważnie niższa od kontroli dotyczących VAT.
W trzech urzędach Izba stwierdziła nieprawidłowości, które polegały głównie na opóźnieniach w:
- analizowaniu ryzyka po wpływie informacji wskazujących na nieprawidłowości,
- kierowaniu spraw do kontroli celno-skarbowej,
- wszczynaniu kontroli.
Co prawda w 2023 r. wystąpił wyraźny wzrost liczby podatników wytypowanych do kontroli celno-skarbowych, ale w dwóch urzędach był on także rezultatem kierowania do kontroli spraw mało złożonych, co do zasady, możliwych do weryfikacji przez naczelników urzędów skarbowych w ramach czynności sprawdzających.
NIK stwierdziła również nieprawidłowości w siedmiu z ośmiu kontrolowanych urzędów skarbowych. Polegały one zwłaszcza na zbyt późnej weryfikacji danych zawartych w raportach o podatnikach, co do których na poziomie centralnym lub regionalnym pojawiły się wątpliwości dotyczące ich rozliczeń podatkowych. W siedmiu urzędach działania w ramach zarządzania zezwoleniami akcyzowymi, w tym zabezpieczeniami akcyzowymi nie były w pełni sprawne i zgodne z wytycznymi Ministerstwa Finansów.
Płyn do e-papierosów – niepotrzebna zmiana prawidłowej wykładni przepisów
Nowelizacja ustawy o podatku akcyzowym w grudniu 2017 r. wprowadziła regulacje w zakresie opodatkowania nowej kategorii wyrobów akcyzowych – płynów do papierosów elektronicznych. Zgodnie z przyjętą wówczas definicją za płyn taki uznano roztwór przeznaczony do wykorzystania w papierosach elektronicznych, zarówno z nikotyną, jak i bez nikotyny, w tym bazę do tego roztworu zawierającą glikol lub glicerynę.
Okazało się jednak, iż potrzebne jest doprecyzowanie tej definicji tak, by przepisy były jednoznaczne i nie pozwalały na uchylanie się od płacenia akcyzy, a takie przypadki stwierdzano podczas kontroli celno-skarbowych. Chodziło o wyroby, które mogły być wykorzystywane jako płyn do papierosów elektronicznych albo jako baza do sporządzenia tego roztworu, a były sprzedawane jako wyroby nieakcyzowe – aromaty do kominków czy odświeżacze powietrza.
Podczas prac nad nowelizacją ustawy Ministerstwo Finansów zajęło stanowisko, iż roztwór w powszechnym rozumieniu tego pojęcia to jednorodna mieszanina dwóch lub więcej związków chemicznych. Tymczasem ani gliceryna, ani glikol takimi mieszaninami nie są, wobec czego, zdaniem ministerstwa, nie podlegają opodatkowaniu podatkiem akcyzowym.
Wyjaśnienia te wygenerowały zmianę prawidłowej wykładni przepisów. W latach 2018–2022 dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacjach wydawanych firmom prowadzącym działalność w branży e-papierosów uznawał, iż glikol i gliceryna to wyroby akcyzowe. Po wyjaśnieniach Ministra Finansów, dyrektor KIS przyjął, iż substancje takie jak glikol i gliceryna, gdy są sprzedawane samodzielnie, niezmieszane, nie są roztworami, wobec czego nie podlegają opodatkowaniu podatkiem akcyzowym.
Rozbieżności w indywidualnych interpretacjach sprawiły, iż koniecznym stało się wydanie interpretacji ogólnej przez Ministra Finansów. Prace nad nią rozpoczęły się jednak dopiero w styczniu 2024 r., czyli osiem miesięcy od pozyskania przez MF informacji o zmianie linii orzeczniczej dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej oraz o uzasadnionych wątpliwościach odnośnie do schematy stanowiska jakoby gliceryna i glikol wykorzystywane w papierosach elektronicznych nie stanowiły wyrobów akcyzowych. Tę zwłokę w podjęciu prac nad interpretacją ogólną NIK uznała za działanie nierzetelne.
Ostatecznie interpretacja ogólna została wydana w czerwcu 2024 r. Przyjęto w niej, iż pod pojęciem „płyn do papierosów elektronicznych” należy rozumieć nie tylko wyrób w ostatecznej postaci stosowanej w papierosie elektronicznym, ale również glikol i glicerynę służące do jego wytworzenia, a więc także bazy do tego płynu.
Mając na uwadze wyniki kontroli, NIK złożyła wnioski do Ministra Finansów, Szefa Krajowej Administracji Skarbowej oraz dyrektorów izb administracji skarbowej.
Wnioski
Do Ministra Finansów:
o sprawne wdrożenie Krajowego Systemu e-Faktur w wersji obligatoryjnej w celu dalszego uszczelniania systemu podatkowego.
Do Szefa Krajowej Administracji Skarbowej:
- o przeprowadzanie systematycznych analiz spójności, skuteczności i efektywności systemu przeciwdziałania nieprawidłowościom podatkowym, obejmującego powiązane obszary, tj. czynności sprawdzające, kontrole podatkowe i kontrole celno-skarbowe oraz postępowania przygotowawcze, w celu wypracowania rozwiązań usprawniających proces weryfikowania schematy rozliczeń podatkowych;
- o dalszy rozwój działalności analitycznej mającej na celu przeciwdziałanie uszczuplaniu dochodów z podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowego, w tym w związku z wdrożeniem KSeF w wersji obligatoryjnej oraz dostępem organów KAS do danych z Systemu Track&Trace.
Do dyrektorów izb administracji skarbowej:
- o wzmocnienie nadzoru nad doborem podmiotów do kontroli celno-skarbowej oraz kontroli podatkowej, aby zapobiec praktykom wszczynania przez organy KAS kontroli w sprawach prostych, w których wystarczającą formą weryfikacji są czynności sprawdzające;
- o objęcie kontrolą wewnętrzną oraz audytem wewnętrznym obszaru podatku akcyzowego, w szczególności procesu zarządzania zabezpieczeniami akcyzowymi oraz działalności analitycznej mającej na celu identyfikację podmiotów podejrzewanych o nieprawidłowe rozliczanie podatku akcyzowego;
- o zintensyfikowanie działalności analitycznej mającej na celu przeciwdziałanie uszczuplaniu dochodów z podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowego.