Kontrola celno-skarbowa: prościej i sprawniej od 1.10.2025 r.

Zgodnie z art. 82 ust. 3 ustawy z 16.11.2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (t.j. Dz. U. z 2025 r. poz. 1131; dalej: KASU), w terminie 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli kontrolowany może skorygować w zakresie objętym kontrolą celno-skarbową uprzednio złożoną deklarację podatkową. Obowiązujące przepisy przewidują możliwość złożenia korekty deklaracji uwzględniającej jedynie całość nieprawidłowości stwierdzonych w wyniku kontroli, o ile przedmiotem jest konkretne zobowiązanie podatkowe. Może być jednak tak, iż kontrolowany zgadza się ze stwierdzonymi nieprawidłowościami wyłącznie w części tych nieprawidłowości. W takim jednak przypadku, złożona korekta deklaracji w tym tylko zakresie nie zostanie uwzględniona przez naczelnika urzędu celno-skarbowego. W efekcie, kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe, którego przedmiotem jest całość zobowiązania podatkowego będącego przedmiotem tej kontroli. A co się potem dzieje, to już się dzieje i często trwa latami.

Można kontestować wynik kontroli w części

Stąd w życie wchodzi propozycja zmian w art. 82 ust. 2 pkt 6 i ust. 3 KASU. Polegają one na uregulowaniu uprawnienia do dobrowolnego wykonywania przez kontrolowanego obowiązku podatkowego w postaci złożenia korekty deklaracji, o ile kontrolowany w części zgadza się z nieprawidłowościami stwierdzonymi przez naczelnika urzędu celno-skarbowego w wyniku kontroli celno-skarbowej.

W konsekwencji, uzupełniony zostanie katalog przesłanek przekształcenia kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe. Dodano nową przesłankę przekształcenia, tj. gdy kontrolowany złożył deklarację lub korektę deklaracji, w których zgodził się w części ze stwierdzonymi w wyniku kontroli nieprawidłowościami i organ uwzględnił tę deklarację lub korektę deklaracji. W takim przypadku niezbędne będzie wydanie decyzji podatkowej w przekształconym postępowaniu podatkowym, obejmującej całość zobowiązania podatkowego, przy czym postępowanie podatkowe będzie ograniczone do części stwierdzonych nieprawidłowości, z którymi kontrolowany się nie zgodził, o ile naczelnik urzędu celno-skarbowego uwzględni złożoną korektę deklaracji. Stosownej modyfikacji poddano także art. 83 ust. 3a i 2 KASU, przewidujących odpowiednio dokonanie w postanowieniu o przekształceniu kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe zawiadomienia o uwzględnieniu deklaracji lub korekty deklaracji, w których kontrolowany w części zgadza się ze stwierdzonymi w wyniku kontroli nieprawidłowościami, oraz doręczenie kontrolowanemu zawiadomienia o uwzględnieniu deklaracji lub korekty deklaracji, w których kontrolowany w całości zgadza się ze stwierdzonymi w wyniku kontroli nieprawidłowościami i przesłanie tego zawiadomienia do adekwatnego dla kontrolowanego naczelnika urzędu skarbowego.

Złożenie deklaracji po wszczęciu i zakończeniu kontroli celno-skarbowej

Ale to nie koniec zmian. Nowelizacja reguluje także kwestię uprawnienia do złożenia deklaracji pierwotnej, o ile nie została wcześniej złożona, po wszczęciu kontroli celno-skarbowej (po doręczeniu kontrolowanemu upoważnienia do przeprowadzenia tej kontroli) i po zakończeniu tej kontroli (doręczeniu kontrolowanemu wyniku kontroli). Czytając przepisy literalnie, dziś kontrolowanym przysługuje uprawnienie do skorygowania deklaracji w zakresie objętym tą kontrolą. Korektę zeznania można określić jako dokument wtórny do zeznania, które ona koryguje, w żadnym zaś razie nie może być traktowana jako dokument zupełnie odrębny od zeznania oraz jako dokument mający samoistny czy niezależny od zeznania byt prawny.

W świetle powyższego w obowiązującym stanie prawnym istnieją wątpliwości co do możliwości skutecznego złożenia „pierwotnej” deklaracji w zakresie objętym kontrolą celno-skarbową po doręczeniu upoważnienia do kontroli celno-skarbowej, a także po doręczeniu wyniku kontroli celno-skarbowej. Nie można bowiem złożyć korekty deklaracji, która nie została w ogóle złożona. W przypadku skorygowania deklaracji podatkowej po doręczeniu upoważnienia do kontroli celno-skarbowej, jak i po doręczeniu wyniku kontroli celno-skarbowej, korekta deklaracji umożliwi poprawienie błędu w tekście uprzednio złożonej deklaracji, zaś warunkiem skutecznego złożenia korekty deklaracji jest uprzednie złożenie „pierwotnej” deklaracji podatkowej.

Propozycja resortu finansów ma na celu dookreślenie w sposób wyraźny uprawnienia kontrolowanego do złożenia „pierwotnej” deklaracji w przypadkach określonych w art. 62 ust. 4 i art. 82 ust. 3 KASU. Kontrolowany uiści zobowiązanie podatkowe wynikające z „pierwotnej” deklaracji, co doprowadzi do nienaliczania dalszych odsetek za zwłokę od zapłaconego zobowiązania podatkowego. Ponadto w przypadku złożenia deklaracji „pierwotnej” w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia tej kontroli i jej uwzględnienia przez naczelnika urzędu celno-skarbowego, kontrola ta zostanie zakończona stosownie do art. 62 ust. 4c KASU.

Inny korzystny skutek zmiany widoczny będzie na gruncie przepisów ustawy z 11.3.2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz.U. z 2025 r. poz. 775; dalej: VATU). Chodzi o umożliwienie ustalenia stawki dodatkowego zobowiązania podatkowego na obniżonym poziomie do 15%, o której mowa w art. 112b ust. 2a VATU, również w przypadku złożenia przez kontrolowanego „pierwotnej” deklaracji. Zgodnie z dzisiejszym brzmieniem tego przepisu, obniżona sankcja dotyczy jedynie korekty deklaracji, a nie złożenia deklaracji pierwotnej.