Korekta VAT od zaliczki po przedawnieniu – rygorystyczne podejście fiskusa

W orzecznictwie sądów administracyjnych ponownie pojawiła się kwestia możliwości korekty rozliczeń VAT w sytuacji, gdy podstawa do takiej korekty powstaje już po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 5.6.2025 r., III SA/Wa 185/25, Legalis, w sprawie skargi S. sp. z o.o. przeciwko Dyrektorowi Krajowej Informacji Skarbowej (DKIS) jednoznacznie wskazuje, iż termin przedawnienia stanowi sztywną i nieprzekraczalną granicę dla działań zarówno organów podatkowych, jak i samych podatników, w tym również w zakresie prawa do korekty faktur zaliczkowych. Orzeczenie to jest nieprawomocne jednak jest kontynuacją funkcjonującej linii orzeczniczej i ma istotne znaczenie dla przedsiębiorców realizujących długoterminowe projekty i pobierających zaliczki. Wspomniany wyrok jest kolejnym, potwierdzając rygorystyczne podejście fiskusa i sądów do instytucji przedawnienia i jej nadrzędnego charakteru.

Sedno sporu, rozpoznawanego przez WSA w Warszawie, dotyczyło okoliczności, które często towarzyszą wieloletnim inwestycjom, szczególnie w sektorze nieruchomości, czy też transakcjom o odroczonym terminie finalizacji. W 2016 r. podmiot prawny (M. sp. z o.o.), który później został przejęty przez spółkę S. sp. z o.o., otrzymał znaczącą zaliczkę na poczet sprzedaży lokalu użytkowego. Zgodnie z obowiązującymi wówczas przepisami ustawy z 11.3.2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz.U. z 2025 r. poz. 775; dalej: VATU), zaliczka ta została prawidłowo udokumentowana fakturą VAT ze stawką 23%, a podatek należny od tej kwoty został rozliczony w deklaracji podatkowej za odpowiedni okres rozliczeniowy. Z perspektywy prawa podatkowego, obowiązek podatkowy z tytułu tej zaliczki powstał 20.10.2016 r.

Niestety, jak to często bywa w przypadku długotrwałych przedsięwzięć, umowa przyrzeczona dotycząca sprzedaży lokalu nigdy nie doszła do skutku. Dalsze losy transakcji potoczyły się tak, iż w 2022 r., czyli już po znacznym upływie czasu od pierwotnej wpłaty zaliczki, strony zawarły porozumienie, na mocy którego S. sp. z o.o. zobowiązała się do zwrotu pełnej kwoty zaliczki brutto Inwestorowi. Sam zwrot zaliczki nastąpił faktycznie we wrześniu 2024 r.

Elementem stanu faktycznego, który zdeterminował późniejsze rozstrzygnięcie, było to, iż zobowiązanie podatkowe powstałe w 2016 r. uległo przedawnieniu z końcem 2021 r. Zgodnie z art. 70 § 1 ustawa z 29.8.1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2025 r. poz. 111; dalej: OrdPU), zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. W przypadku zaliczki z października 2016 r., termin ten upłynął 31.12.2021 r. Zwrot zaliczki nastąpił więc blisko trzy lata po upływie terminu przedawnienia pierwotnego zobowiązania, co w świetle obowiązujących regulacji okazało się być najważniejsze w całej sprawie.

Stanowisko podatnika

Spółka wystąpiła o interpretację indywidualną, twierdząc, iż w związku ze zwrotem zaliczki i definitywnym brakiem realizacji transakcji powinna mieć prawo do obniżenia podstawy opodatkowania i VAT należnego poprzez wystawienie faktury korygującej i ujęcie jej „na bieżąco”, tj. w okresie dokonania zwrotu środków.

W ocenie podatnika odmowa prawa do korekty prowadziłaby do naruszenia zasady neutralności VAT, skutkując opodatkowaniem czynności, która w rzeczywistości nie została wykonana. Spółka argumentowała również, iż taki stan rzeczy tworzy swoistą „pułapkę” dla przedsiębiorców realizujących projekty wieloletnie.

Stanowisko organu interpretacyjnego

Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej uznał stanowisko spółki za nieprawidłowe. Wskazał, iż korekta faktury zaliczkowej odnosi się do zobowiązania podatkowego powstałego w okresie otrzymania zaliczki. Skoro zobowiązanie to wygasło z mocy prawa wskutek przedawnienia, brak jest podstaw do jego jakiejkolwiek modyfikacji, także w kierunku zmniejszenia podatku należnego.

Organ podkreślił materialnoprawny charakter przedawnienia, które powoduje definitywne wygaśnięcie zobowiązania podatkowego.

Rozstrzygnięcie WSA w Warszawie

WSA w Warszawie oddalił skargę podatnika, w pełni podzielając argumentację DKIS. Sąd wskazał, iż przedawnienie, o którym mowa w art. 70 § 1 OrdPU, stanowi jedną z form wygaśnięcia zobowiązania podatkowego i prowadzi do jego usunięcia z obrotu prawnego.

WSA odwołał się do utrwalonego orzecznictwa Naczelnego Sądu Administracyjnego, w tym do uchwały siedmiu sędziów NSA z 29.6.2009 r., I FPS 9/08, Legalis, a także do wyroku NSA z 17.9.2024 r., I FSK 104/21 oraz I FSK 522/21, Legalis oraz wyroku NSA z 13.3.2014 r., I FSK 500/13, Legalis. Z orzeczeń tych wynika jednoznacznie, iż po upływie terminu przedawnienia nie jest możliwe podejmowanie czynności wpływających na wysokość zobowiązania podatkowego – niezależnie od tego, czy miałoby to prowadzić do zwiększenia, czy do obniżenia podatku.

Sąd nie podzielił argumentu, jakoby art. 29a ust. 13 VATU pozwalał na dokonanie korekty „na bieżąco” w oderwaniu od instytucji przedawnienia. Przepis ten reguluje moment ujęcia korekty, ale nie znosi materialnoprawnych ograniczeń wynikających z wygaśnięcia zobowiązania.

WSA w Warszawie oddalił skargę, w pełni podzielając stanowisko DKIS. Argumenty spółki o naruszeniu konstytucyjnych zasad czy zasad neutralności VAT zostały odrzucone. Sąd wskazał, iż przepisy unijne zezwalają państwom członkowskim na wprowadzanie terminów przedawnienia, a ich stosowanie ma na celu zapewnienie pewności prawa. Sąd uznał, iż brak możliwości korekty zobowiązania, które wygasło, nie narusza zasad neutralności i skuteczności, a termin przedawnienia stanowi sztywną ramę czasową dla działań zarówno organów, jak i podatników.

Znaczenie praktyczne orzeczenia

Komentowany wyrok potwierdza rygorystyczne podejście sądów administracyjnych do instytucji przedawnienia w VAT. Dla podatników realizujących projekty długoterminowe oznacza to, że: