Podstawą funkcjonowania w systemie KSeF jest przejście przez proces uwierzytelnienia i autoryzacji. KSeF będzie umożliwiał umożliwia dostęp do swoich funkcji (przeglądanie, wystawianie i odbieranie faktur ustrukturyzowanych, dalsze nadawanie uprawnień itp.) po potwierdzeniu tożsamości użytkownika. Krajowy System e-Faktur przewiduje dla wersji obowiązkowej KSeF trzy główne metody uwierzytelnienia, dostosowane do różnych typów użytkowników i skali działalności :