API KSeF 1.0 nie jest kompatybilne z API KSeF 2.0. Migracji podlegają wyłącznie faktury i uprawnienia właścicielskie oraz wynikające z ZAW-FA z KSeF 1.0 do KSeF 2.0. Nadawanie uprawnień innych niż właścicielskie i wynikających z ZAW-FA oraz możliwość pobrania certyfikatu KSeF 2.0 będzie możliwe za pośrednictwem Modułu Certyfikatów i Uprawnień (MCU) od 1 listopada 2025 r.